Detektion af miljø-DNA med ‘quantitative Polymerase Chain Reaction’ (qPCR) sammenlignet med ‘droplet digital Polymerase Chain Reaction’ (ddPCR)

Abstract

Detektion af miljø-DNA (engelsk: ‘environmental DNA’, forkortet: ‘eDNA’) kan gøres med blandt andet qPCR og ddPCR, hvor ddPCR ved detektion af DNA fra virus eller bakterier i human patologiske studier er blevet demonstreret som værende mere præcis i forhold til qPCR-baseret detektion af eDNA. I denne undersøgelse er målet at belyse om en sådan øget præcision også er gældende for detektion af eDNA fra marine ikke-hjemmehørende arter. Her analyseres de samme 48 ekstraktioner af eDNA fra filtervandprøver, indsamlet i 2021, med både qPCR og ddPCR for tilstedeværelsen af 17 forskellige ikke-hjemmehørende marine arter. Det kan konkluderes, at for de sjældne marine NIS-arter er der med ddPCR-platform en bedre chance for at detektere meget lave niveauer af eDNA. For 17 ud af 19 afprøvede artsspecifikke detektionssystemer på ddPCR-platform var der lige så præcis detektion af eDNA som på qPCR platform, såfremt der er tilstrækkeligt høje niveauer af eDNA til stede i vandprøven. For lave niveuaer af eDNA var ddPCR-platform bedre til at vurdere usikkerhed i eDNA koncentration end qPCR. Med reduceret arbejdstid for opsætning af ddPCR i forhold til med qPCR anbefales det at bruge ddPCR for fremtidig monitorering af eDNA fra marine invasive arter, for at opnå bedre præcision og reducere arbejdstid.